Çeşitli yüzeylere ve ortamlara kimyasal uygulayarak zararlı mikroorganizmaların etkisiz hale getirilmesine kimyasal dezenfeksiyon adı verilir. Dezenfekte edilecek yüzey ya da ortama, uygulama şekline ve patojenlerin türüne göre çeşitli kimyasal türleri kullanılmaktadır.